技術(shù)原理:主要應(yīng)用連接酶檢測反應(yīng) (ligase detection reaction,LDR)技術(shù)。即在Taq DNA連接酶的作用下, 當(dāng)左右兩條寡核苷酸探針與目的DNA序列完全互補,并且兩條探針之間沒有空隙時才能發(fā)生連接反應(yīng),否則連接反應(yīng)不能進行,最后通過熒光掃描片段長度,根據(jù)測序峰移動的膠位置,通過末端未標(biāo)記探針的3個堿基差異,確定同一位點的不同基因型,再通過末端未標(biāo)記探針的7個堿基差異,確定不同位點,最終實現(xiàn)對SNP 位點的精確檢測。
原理及流程示意圖:
PCR-LDR技術(shù)流程:
1. 多重PCR擴增:獲得目標(biāo)位點所在的片斷;
2. 多重LDR:得到長度各異的檢測產(chǎn)物;
3. 3730測序儀檢測:根據(jù)測序電泳得到不同的峰值;
4. 判斷SNPs結(jié)果,數(shù)據(jù)分析;
方法特點:
1. 通用性強:適用任何多態(tài)性位點和各種SNP位點的分型,不需要人工引入酶切位點;
2. 分型準(zhǔn)確,檢出率高:其準(zhǔn)確度可達99.2%以上。
3. 檢測快速:LDR技術(shù)的最大優(yōu)點就是實驗時間短!與Taqman、RFLP、SSCP和DHPLC相比,由于檢測條件更易控制,從DNA樣本到數(shù)據(jù)的產(chǎn)出,整體實驗只需要幾周。
適宜范圍:適宜 100-1000個樣品,1-5個位點;
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客戶需要提供:
1. 細胞,組織或血液等樣品材料,基因組DNA提取費用單獨收費;
2. 基因組DNA(體積≥30μl,濃度≥50 ng/μl),純度 OD260/280 為1.7~1.9之間;
3. 人類基因組需提供SNP位點的RS號。其它物種如牛、雞、魚等無rs號的,需提供SNP位點上下游各200bp的確切序列,SNP位點的突變類型,以及位點的上下游25bp內(nèi)是否存在其它連鎖位點。
最終提交結(jié)果:
1. SNPs結(jié)果(ExceL表格);
2. 完整實驗報告:擴增和反應(yīng)體系、所涉及的引物、探針序列;
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