技術(shù)服務(wù)

服務(wù)介紹：

微衛(wèi)星標(biāo)記（Microsatellite）也稱(chēng)為短串聯(lián)重復(fù)序列（STR）或簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡(jiǎn)單重復(fù)序列。微衛(wèi)星位點(diǎn)通常通過(guò)PCR擴(kuò)增和電泳檢測(cè)，并根據(jù)片段大小分離等位基因進(jìn)行分析；擴(kuò)增后的等位微衛(wèi)星可以用多種方法檢測(cè)，傳統(tǒng)方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法，費(fèi)時(shí)費(fèi)力效率低。我們利用ABI遺傳分析儀對(duì)熒光標(biāo)記的DNA片段進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)合分子量?jī)?nèi)標(biāo)進(jìn)行DNA片段長(zhǎng)度計(jì)算，使STR分型變得高效快捷，結(jié)果也更加精確。

STR分析方法原理：
通過(guò)檢索DNA數(shù)據(jù)庫(kù)或構(gòu)建基因組文庫(kù)，獲得微衛(wèi)星序列。由于微衛(wèi)星兩側(cè)的序列在同一物種間是高度保守的，據(jù)此可設(shè)計(jì)熒光標(biāo)記引物，擴(kuò)增同一物種甚至不同物種其它基因型的微衛(wèi)星片段得到多個(gè)相差幾bp的片段，將擴(kuò)增產(chǎn)物和內(nèi)標(biāo)混合，經(jīng)ABI測(cè)序儀跑膠后，根據(jù)峰的個(gè)數(shù)確定對(duì)應(yīng)樣本STR等位基因雜合或者純合。多個(gè)位點(diǎn)的多重PCR擴(kuò)增，可通過(guò)使用幾種熒光標(biāo)記來(lái)區(qū)分，ABI測(cè)序儀對(duì)PCR擴(kuò)增后，熒光顏色不同的DNA片段的峰進(jìn)行長(zhǎng)度檢測(cè)，DNA片段與內(nèi)標(biāo)比較確定長(zhǎng)度。最后與以同樣方式確定的等位基因Ladder比較，得到未知樣本的PCR產(chǎn)物片段分型。

STR分析原理示意圖：


服務(wù)項(xiàng)目：
1. 多態(tài)性引物開(kāi)發(fā)：對(duì)于全基因組序列未知的物種，富集含SSR序列的DNA片段，開(kāi)發(fā)出10-30條具有多態(tài)性的微衛(wèi)星序列和引物。
2. 多態(tài)性引物篩選：針對(duì)含微衛(wèi)星的序列信息或引物和目標(biāo)樣本，篩選出具有多態(tài)性的引物。
3. 樣本批量擴(kuò)增：用帶有熒光標(biāo)記（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，對(duì)批量樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增。我公司擁有高通量PCR儀平臺(tái)，可以滿(mǎn)足大量樣本擴(kuò)增需求。
4. 測(cè)序儀檢測(cè)：帶有熒光標(biāo)記的PCR產(chǎn)物進(jìn)行稀釋后與分子量?jī)?nèi)標(biāo)混合，用3730xl等測(cè)序儀進(jìn)行毛細(xì)管電泳，并得到原始數(shù)據(jù)。
5. 原始數(shù)據(jù)分析：編制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0軟件分析測(cè)序儀得到的fsa文件，并生成PDF圖譜和Excel文檔（包括size、基因分型等信息），分析后的電泳圖譜。
6. 群體多態(tài)性研究：對(duì)于已篩選好的多態(tài)性引物和群體性樣本，進(jìn)行批量檢測(cè)，并進(jìn)行遺傳學(xué)分析。

服務(wù)說(shuō)明：
1. 微衛(wèi)星位點(diǎn)選擇 : 由于有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點(diǎn)才可以提供有效的信息，因此在選取微衛(wèi)星標(biāo)記時(shí)，一定要選取雜合度高的位點(diǎn)，才能盡量多的獲得有效的信息。
2. 熒光標(biāo)記選擇 : 可以檢測(cè)的熒光標(biāo)記很多種，建議選取FAM（藍(lán)色）,HEX（綠色）,ROX（紅色）,TAMRA（黃色，軟件顯示黑色）。
3. 微衛(wèi)星位點(diǎn)混檢: 混合檢測(cè)請(qǐng)選用不同熒光標(biāo)記。如同色熒光混合檢測(cè)，非特異性擴(kuò)增條帶會(huì)影響檢測(cè)結(jié)果。

送樣要求：

1. 樣品信息：樣品名稱(chēng)，樣品類(lèi)型，熒光標(biāo)記類(lèi)型及目標(biāo)范圍，是否混樣及混樣方式。
2. 基因組DNA樣品：DNA樣品濃度≥50ng/ul,體積最少量為10ul并每增加一個(gè)位點(diǎn)增加2ul樣品, A260/A280比值為1.8左右，送檢DNA樣品濃度稀釋成相對(duì)一致。
3. 血液樣品：血液樣本用EDTA抗凝劑的真空管采集或枸櫞酸鈉抗凝，采集后放入-20℃保存，體積大于1ml。
4. 熒光PCR產(chǎn)物或酶切產(chǎn)物：體積≥10ul，瓊脂糖電泳能看到目的條帶，需避光保存。
5. 細(xì)胞（≥106 ）、組織（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥ 50ng/μl）；引物信息、片段長(zhǎng)度范圍、瓊脂糖電泳圖等。

 

提供結(jié)果：

引物、微衛(wèi)星分析的原始數(shù)據(jù)以及GeneMapper生成的PDF圖譜、包含片段長(zhǎng)度等信息的Excel文檔和進(jìn)一步的分析結(jié)果等。

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